해양수산부는 2003. 8. 13일 18시부로 전남 봇돌바다 염포외측 종단해역에서 경남 남해도 동부 두미도 서측 종단을 연결하는 해역에 유해성 적조 생물인 코클로디늄의 밀도가 80 ∼ 960개체/mL로 나타남에 따라 금년도 첫 적조주의보를 발령하고 중앙적조대책본부(본부장 최낙정 해양수산부차관)를 중심으로 수산피해 최소화를 위해 적조방제 비상체제에 돌입하였다.

해양수산부는 적조주의보가 발령된 해역에 최신 적조방제 장비인 전해수황토살포기를 비롯 해군·해경 방제정, 어선 등을 긴급 투입, 방제토록 하는 등 적조확산 방지를 위한 초동방제에 총력을 다할 것을 시·도 등 관계기관에 긴급 시달하고,

양식어업인에 대해 어류양식장 주변해역에 대한 황토살포 등 방제작업과 아울러 성어 조기출하, 적정 사육밀도 유지, 급이량 조절 등 적조발생시 양식장 관리요령 및 관계공무원의 지시에 따라 양식장 관리에 만전을 기해줄 것을 당부하였다.

해양수산부는 지난 2002년 적조가 역대 최장기간 지속되었지만 피해액은 2001년도의 절반 수준에 그쳤음을 예로 들며, "적조는 어업인과 관계기관이 신속히 대응하면 그 피해를 최소화 할 수 있는 자연재해"임을 설명하고 방제작업에 어업인들의 적극적인 참여를 당부하였다.

또한, 그 동안 적조에 대한 잘못된 인식으로 적조발생시 수산물의 소비가 다소 위축되는 경향이 있음을 지적하며, "코클로디늄 적조는 독성이 없으며 인체에 아무런 영향을 미치지 않으므로 안심하고 먹어도 됨"을 강조하면서 수산물을 많이 섭취해 줄 것을 요청하였다.

해양수산부는 그동안 긴 장마로 인하여 육상의 영양염이 연안에 다량 유입됨에 따라 대규모 적조 발생에 대비하여 지난 7.14일부터 적조 빈발해역에 대한 집중 감찰을 실시하는 한편, 황토 46만톤을 확보, 전국연안에 비치하고, 황토적치장을 건설하는 등 적조발생에 대비한 만반의 준비를 하여왔다.

금번 적조는 일조량 등에 따라 그 진행 정도가 다소 유동적이지만, 9월 중순까지 소강과 확산을 반복하며 계속될 것으로 전망되는 만큼, 적조로 인한 피해가 최소화 될 수 있도록 해양수산부 등 관계기관 및 양식어업인들의 적극적인 방제활동이 요망된다.