낙도보조항로에 대한 운항결손금 전액을 정부가 사후 보전해 주는 종전의 취항명령제에서 사전정액방식의 경쟁입찰제로 변경된다.

 국토해양부는 그동안 사업성이 없어 여객선사에서 취항을 기피하는 항로(26개 낙도보조항로)에 대해 선사를 지정하여 취항토록 명령하고 운항에 따른 결손금을 사후보전하는 방식으로 지원해 왔으나, 이번에 새롭게 도입되는 낙도보조항로 경쟁입찰방식은 정부보조금을 받아 취항하려는 선사들간 경쟁을 유도하여 최저수준의 보조금으로 운항할 수 있는 선사를 선정하고, 낙찰된 사업자는 그 금액의 한도 내에서 운항하게 된다.

 현 26개 낙도보조항로의 경쟁입찰제에 의한 지원방식 변경은 지난 8월부터 경쟁입찰 과정을 거쳐 사업자를 선정한 진리/울도, 군산/말도, 봉리/향화 등 10개 항로(별첨 참조)에 대해 우선 10월 1일부터 실시하고, 16개 항로는 2009년 3월까지 순차적으로 적용할 계획이다.

 국토해양부 관계자는 낙도보조항로 운영방식이 경쟁입찰제로 변경됨으로써 연간 결손보상금(2007년도 약 86억원)을 약 15% 정도 줄일 수 있는 한편, 종전 취항명령제 하에서 결손금을 과다책정하고 정부지원금을 부당청구하는 사례가 일부 있었으나, 경쟁입찰에 의한 사전정액 보조금을 지원하게 됨으로써 그 폐단이 사라지는 등 긍정적 효과가 있을 것으로 기대한다고 밝혔다. 다만, 사전정액방식 하에서는 사업자가 운항원가를 절감하기 위해 기상악화 등의 이유로 운항횟수를 줄이려는 폐단이 발생할 수도 있는데, 이에 대해 국토해양부는 운항관리감독을 철저히 하는 한편, 고객만족도 평가 등을 통해 해당업체의 서비스 개선도 유도해 나갈 계획이다.