① 연안해역기능구 지정의 중복 또는 세분화

 지방자치단체장은 관할 연안해역을 자연환경적 특성 및 장래 이용방향 등을 고려하여 4개의 연안용도해역(이용·특수·보전·관리연안해역)으로 구분하여 관리하고, 각 용도해역을 항만구, 해수욕장구, 경관보호구 등 16개의 연안해역기능구로 특성화되어 운영된다.

아울러, 연안의 효율적인 이용 및 개발을 위해 필요한 경우에는 동일한 용도해역에서 연안해역기능구를 중복하여 지정하거나, 지역특성 및 관리목적에 따라 세분하여 지정할 수 있도록 하여 연안해역기능구 지정의 효율성을 높이도록 하였다

 ② 자연해안관리목표제 실시를 위한 사전 필요 조치사항

 국토해양부는 자연해안선과 연안경관 등의 보전을 위한 자연해안관리목표제의 실시에 필요한 자연해안의 현황 조사, 권역별·지역별 관리우선순위 설정 등을 사전에 조치토록 하고, 지방자치단체에게 관할 연안에 대해 5년 단위의 자연해안관리목표를 제출할 수 있도록 하였으며, 또한, 자연해안 보전의 적극적인 수단이 되는 자연해안 복원사업에 관한 절차·범위·복원계획 등을 연안정비사업실시계획으로 정하도록 하여 자연해안복원사업의 실행력을 높이도록 하였다.

③ 기타 연안기본조사시 관련기관 조사의 연계성 강화 등

 연안기본조사와 해양과학조사 등 관련기관 조사의 연계성을 강화하고, 연안관리지역계획에 대한 공청회 개최절차, 연안정보시스템의 구축·운영을 위한 전담기관 지정 근거 등 현행 제도의 일부 미비점을 개선·보완하였다.