① (민원서비스 향상) 현행 법에서는 국토해양부장관이 실시계획을 승인할 경우 법 제9조에 따라서 공유수면매립법 등 총 23개 관련법에서 정한 행정절차를 동시에 이행할 수 있도록 인·허가 의제조항을 두고 관계행정기관의 장과 협의토록 하였으며, 영 제9조에 협의기간을 60일 이내로 규정하고 있다.  

  - 그러나, 통상 관계행정기관의 장과 협의할 경우 20일이 넘지 않는 것을 감안하여 금번 개정안에서는 협의기간을 60일에서 20일로 단축토록 하였다.

 ② (규제사항 개선) 국토해양부장관이 실시계획을 승인하기 전 또는 신항만 건설에 따른 교통영향 등을 심의하기 위해서, 국토해양부장관은 법 제10조에 따라서 신항만건설심의위원회를 설치하고 영 제12조 제1항에 위원회를 100인 이내로 구성토록 하고 있으나 

  - 위원회를 100인 정도로 구성할 경우 위원회가 비효율적으로 운영될 소지가 많아서, 금번 개정안에서는 위원회 정원을 50인 이내로 축소토록 하였다.

 ③ (권한의 위임) 법 제8조에 따라서 국토해양부장관이 실시계획을 승인하고 그 내용을 고시하도록 규정하고 있으나
  - 개정안에서는 실시계획 승인 및 고시업무가 집행업무 성격이 강하고 신항만건설사업 관리주체인 지방해양항만청장이 수행하는 것이 타당하므로 청장에게 동 권한을 위임토록 하였다.